Jonathan Wagner studierte von 2012 – 2015 an der Universität Basel und schloss sein Studium mit einem Bachelor (BSc) of Sport, Exercise and Health Sciences ab. Sein Masterstudium (MSc) in Exercise Physiology absolvierte er in England an der Loughborough University. Darauf folgte ein Doktorat (PhD) an der Medizinischen Fakultät der Universität Basel im Bereich Sportmedizin / Exercise Physiology, welches er mit dem Titel: «Cardiopulmonary Exercise Testing in Health and Heart Failure – Improving Established Methods and Exploring New Frontiers to Evaluate Physical Fitness Status for Risk Stratification» 2020 abschloss. Vom November 2020 bis Dezember 2021 arbeitete er als Wissenschaftlicher Mitarbeiter in der Sportmedizin am DSBG und leitete das Sportmedizinische Labor.
Seine Forschungsschwerpunkte lagen bis anhin im Bereich der Erhebung der Kardiorespiratorischen Fitness (Cardiopulmonary Exercise Testing), deren alters- und krankheitsbedingter Reduktion sowie deren Zusammenhänge mit weiteren physiologischen Gesundheitsmarkern.
Seit Dezember 2021 leitet er die Stabsstelle «Theorie und Praxis der Sportarten» am DSBG. Nebst der Leitung der sportpraktischen Ausbildung doziert er in mehreren Fächern, die an der Schnittstelle zwischen Theorie und Praxis angesiedelt sind.